18 I 1945 roku Kraków został oswobodzony od okupacji a już 1 II 1945 roku została wznowiona nauka a Szkole Specjalnej Nr 46. Władze szkolne przydzieliły tymczasowo prywatny lokal przy ul. Waryńskiego 8, który należało wyposażyć od podstaw. Izby lekcyjne były przepełnione a klasy liczyły nawet 30 dzieci. W szkole powstały organizacje uczniowskie: Koło Przyjaciół Zwierząt, Koło P.C.K., Szkolna Kasa Oszczędności oraz Samorząd Uczniowski.
Wiosną Ministerstwo Oświaty wydało instrukcję dla szkół specjalnych, wg której obowiązkowy wymiar godzin nauczania w szkołach specjalnych wynosił 22 godz. tygodniowo.
W lipcu 1946 roku został ogłoszony konkurs przez Kuratorium O.S. Krakowskiego na kierownictwo Szkoły Specjalnej Nr 46. Na podstawie tego konkursu został mianowany stałym kierownikiem Wincenty Garbicz, który pełnił obowiązki kierownika szkoły od 1938 roku. Wbrew zarządzeniu, że każda szkoła wraca do budynku macierzystego, zrobiono wyjątek, tylko Szkoła Specjalna Nr 46 do własnego budynku (przy ul. Wąskiej) nie wróciła. Przydzielono go nowozorganizowanej szkole podstawowej T.P.D.
W lipcu 1948 roku Inspektorat Szkolny przydzielił Szkole Specjalne Nr 46 budynek szkolny przy ul. Dietla 2. Był to stary, drewniany barak, w którym wcześniej mieściła się szkoła zasadnicza. Przeprowadzono w nim wiele przeróbek, w niedługim czasie było za ciasno, ponadto było w nim zimno; trudny do ogrzania w czasie mrozów. W roku 1958 szkoła była już na ogół dobrze zaopatrzona w materiały i pomoce do nauczania.
Dnia 30 IX i 3 X 1946 roku odbyła się konferencja Rad Pedagogicznych Szkół Specjalnych Nr 46 i Nr 44, na której omówiono programynauczania dla dzieci niedorozwiniętych umysłowo. Utworzono klasę VII. Jesienią ukazały się podręczniki szkolne, lecz nakład był niewystarczający. Zajęcia dydaktyczne były wzbogacane dużą ilością wycieczek: do muzeów, na wystawy, do warsztatów rzemieślniczych. Organizowano także wycieczki dalsz np. do Ojcowa, Wieliczki. W szkole zorganizowano dożywianie dzieci, a potrzebujący otrzymywali odzież i obuwie. Latem dzieci miały możliwość wyjeżdżania na kolonie. Tak jak przed wojną obowiązywała Metoda Ośrodków Zainteresowań Głównymi Ośrodkami zainteresowań w programach nauczania dla szkoły specjalnej dzieci umysłowo niedorozwiniętych były:
Kl. I. "Nasza szkoła i mój dom"
Kl. II. "Najbliższe środowisko dziecka i szkoły"
Kl. III. "Dalsze otoczenie szkoły - dziecko i dzielnica"
Kl. IV. "Nasze miasto i najbliższa okolica"
Kl. V. "Dziecko i kraj ojczysty - Polska"
Kl. VI. "Polska wśród krajów Europy"
Kl. VII. "Polska wśród krajów świata"
W tutejszej szkole od 1948 roku wprowadzono nowy przedmiot nauczania: przysposobienie zawodowe, które miało za zadanie zorientować ucznia w jakim kierunku ma uzdolnienia. Ponieważ szkoła zawodowa specjalna w Krakowie powstała dopiero w 1957 roku, wielu uczniów po ukończeniu szkoły specjalnej kształciło się w zasadniczych szkołach zawodowych dla normalnych.
Pierwszy program nauczania dla szkół specjalnych wydało Ministerstwo Oświaty w 1951 roku, pozostawiał on nauczycielowi swobodę w doborze metod. W Szkole Podstawowej Specjalnej Nr 46 w klasach I - IV uczono metodą Ośrodków, a w klasach V - VII stosowano korelację między przedmiotami.
W 1956 roku została zmieniona nazawa metody zamiast "ośrodków zainteresowań" na "ośrodków pracy", lecz opierała się na tych samych zasadach.
Selekcji do szkół specjalnych dokonywali nauczycieleodpowiednio przeszkoleni w PIPS, przy pomocy testów Binet - Termana. Następnie została zorganizowana Wojewódzka Poradnia Zdrowia Psychicznego przy ul. Limanowskiego 5 i tam odbywały się badania rozwoju psychicznego dziecka te stami nowoczesnymi. W953 roku Ministerstwo Oświaty zmieniło sposób selekcji dzieci do szkół specjalnych na podstawie opinii wychowawcy, zeszytu obserwacyjnego i innych dokumentów, a w razie potrzeby dziecko przechodziło badania psychiczne. Komisje Selekcyjne składały się z następujących osób:
Kierownik Wydziału Oświaty lub Kierownik Referatu Szkolnictwa Specjalnego - przewodniczący
Lekarz - przedstawiciel Wydziału Zdrowia
Przedstawiciel Wydziału Pracy i Pomocy Społecznej
Psycholog
Doświadczony kierownik lub nauczyciel szkoły specjalnej
Doświadczony kierownik lub nauczyciel szkoły podstawowej
Selekcja nie przebiegała sprawnie, a skutkiem tego było przepełnienie w szkołach podstawowych i mała liczba dzieci w szkołach specjalnych.
W 1963 roku następuje zmiana w sprawie selekcji dzieci (Zarz. Min. Ośw. z dn. 19 VII 1963). Zniesiono Komisje Selekcyjne, a na ich miejsce powstały Ośrodki Selekcyjne, organizowane przy szkołach specjalnychna zasadach podobnych jak Komisje Selekcyjne.
1 IX 1949 roku za zgodą Wydziału Oświaty M.R.N. otwarto świetlicę szkolną. Stanowiła ona osobną jednostkę budżetową podlegającą Wydziałowi Oświaty M.R.N. (szkoła specjalna podlegała Kuratorium OSK). Zajęcia świetlicowe odbywały się po południu, po zajęciach lekcyjnych w izbach szkolnych. Od 1951 roku kierowniczką świetlicy była Janina Towpasz. Świetlica szkolna była bardzo pomocna w pracy wychowawczej szkoły, a także w dużym stopniu przyczyniła się do lepszych wyników dydaktycznych szkoły. Dzieci po zakończeniu nauki otrzymywały obiad i miały zapewnioną fachową opiekę odrabiały lekcje, uczestniczyły w grach, zabawach oraz wycieczkach.