Zaczątkiem Szkoły Podstawowej Specjalnej Nr 46 dla dzieci upośledzonych umysłowo w Krakowie były oddziały filialne Podstawowej Szkoły Specjalnej Nr 44, która mieściła się przy ul. Rajskiej 14. Począwszy od 1930 r. ówczesny Inspektorat Szkolny, na wniosek kierownika szkoły J. Wiśniewskiego przydzielił w dzielnicy Kazimierz pomieszczenia dla klas specjalnych w budynku Szkoły Podstawowej nr 22 przy ul. Wąskiej L:7.
Najpierw przeniesiono kl. I b, a w kolejnych latach tworzono nowe klasy, tak, że już w 1936 r. było 5 oddziałów: od kl. I - V. Istniało kilka powodów założenia filii; jednym z nich było przepełnienie w szkole przy ul. Rajskiej, gdzie było tylko 5 izb lekcyjnych, a na terenie Krakowa (prócz szkoły dla dzieci głuchoniemych) była to jedyna placówka ucząca dzieci niedorozwinięte umysłowo. Nauka odbywała się na dwie zmiany, co było uciążliwe zarówno dla organizacji pracy szkolnej, jak i dla uczniów, którzy musieli wracać wieczorem do nierzadko odległych domów.
Drugim powodem utworzenia filii była lokalizacja szkoły, która znajdowała się w północnej części Krakowa, zaś dla młodzieży z dzielnic południowych: Kazimierza, Grzegórzek, czy też Podgórza odległość do przebycia pieszo pomiędzy domem rodzinnym a szkołą stanowiła znaczne utrudnienie.
1 września 1938 roku z istniejących już 5 oddziałów (kl. I - V) inspektor szkolny Dr. Cichocki utworzył nową szkołę specjalną, której nazwa brzmiała: Publiczna Szkoła Powszechna Specjalna Nr 46 im. J. Joteyko. Obowiązki kierownika szkoły pełnił Wincenty Garbicz. Dla szkoły specjalnej nr 46 przeznaczono I - sze piętro w budynku szkoły podstawowej nr 22. Było tam 5 izb lekcyjnych, kancelaria i gabinet na pomoce naukowe. Zajęcia gimnastyczne odbywały się w izbach lekcyjnych, które były bardzo duże, zaś klasa liczyła 24 - 28 uczniów. Szkoła była wyposażona w stare i zniszczone sprzęty i pomoce dydaktyczne; nie mogła liczyć na pomoc władz szkolnych, bowiem miały one nieprzychylny stosunek do szkolnictwa specjalnego. Obowiązek opieki nad dziećmi wymagającymi specjalnej troski traktowano z potrzeby wyzbycia się balastu ze szkół podstawowych dla dzieci w normie intelektualnej. Nauka odbywała się metodą "Ośrodków zainteresowań" opracowaną przez M. Grzegorzewską Dużo czasu przeznaczano na zajęcia praktyczne.
Szkoły zawodowej specjalnej nie było; zdolniejsi uczniowie po ukończeniu VI kl. szli na praktykę do rzemieślników lub do fabryk. Po wojnie absolwenci tutejszej szkoły kształcili się w zasadniczych szkołach zawodowych dla dzieci normalnych. Selekcja dzieci upośledzonych umysłowo początkowo dokonywana była przez kierownika szkoły i nauczycieli upoważnionych przez P.I.P.S., przy pomocy testów Binet - Termana. Około roku 1934 badania dzieci przejął Instytut Psychotechniczny przy ul. Smoleńsk.