W 1956 roku Kierownictwo Szkoły poczyniło szereg starań o budowę nowej szkoły i internatu dla młodzieży niedorozwiniętej umysłowo. Po wielu naradach Komisja złożona z przedstawicieli Kuratorium, Wydziału Oświaty M.R.N., Miej.Z.A.B. szkoły i Komitetu Rodzicielskiego zadecydowała, że na plac budowy przeznacza się plac pod Krzemionkami przy ul. Łagiewnickiej 36.
Na placu budowy rozpoczęto prace we wrześniu 1959 roku, lecz przebiegały one bardzo wolno. W trakcie realizacji inwestycji istniało wiele trudności, szkód i skomplikowanych sytuacji, z którymi nieustannie borykało się Kierownictwo placówki. Podawano kilka terminów oddania placówki, których nie potrafiono dotrzymać. Zakończenie prac przesuwało się w latach.... Władze miejskie zaplanowały przebudowę jezdni na ul. Dietla, szkoła stanowiła przeszkodę - budynek postanowiono rozebrać. Wydano nakaz opróżnienia budynku, zaś w nowym budynku prace nie zostały zakończone, ponadto brakowało odpowiedniego dojazdu, ponieważ droga nie została jeszcze wykończona.
28 VIII 1963 roku nastąpiło przekazanie szkoły i internatu. Nastąpiła przeprowadzka, w której przez wiele dni uczestniczyło Grono Nauczycielskie, Komitet Rodzicielski, a także młodzież szkolna.
Dnia 3 IX 1963 roku odbyło się uroczyste otwarcie Państwowego Zakładu Wychowawczego Nr 2 im. Janusza Korczaka, który obejmował: Szkołę Podstawową Specjalną Nr 46 im. Janusza Korczaka oraz Internat dla 106 wychowanków. W zakładzie obowiązki dyrektora pełnił Wincenty Garbicz, kierownikiem szkoły został Wilhelm Kondyjowski, zaś kierownictwo w internacie objął Józef Nowak. Zakład był jednostką budżetową i prowadził księgowość dwóch rozdziałów: szkoły i internatu.
W szkole było 14 oddziałów: 10 oddziałów miało naukę przed południem, 4 po południu. Szkoła miała dobrą obsadę pedagogiczną, zatem w pracy nie było żadnych zakłóceń. Pomoce naukowe pochodziły z poprzedniej placówki, a także zakupiono wiele nowych.
W internacie było 104 wychowanków a prócz tego 6 dzieci w półinternacie - tzn. cały dzień przebywały w zakładzie - na lekcjach i zajęciach świetlicowych, otrzymywały wyżywienie - na noc wracały do domu. Dzieci były podzielone na 6 grup. Oba budynki zostały połączone pergolą. Przy internacie znajdowały się mieszkania służbowe: 4 mieszkania 2 - pokojowe i 2 mieszkania 1 - pokojowe.
Od 1968 roku funkcję dyrektora Zakładu pełnił Wilhelm Kondyjowski, a szkołą kierowała Alicja Rakowska. Internat natomiast pracował pod kierownictwem Anny Chtustowaskiej - Skrzywanek.
W 10 rocznicę Zakładu i 35 - tą rocznicę powstania Ośrodka odbyły się wspaniałe uroczystości Jubileuszowe powiązane z 200-tną rocznicą powstania Komisji Edukacji Narodowej, zaś działająca drużyna harcerska "Nieprzetartego Szlaku" otrzymała sztandar. Zasłużonymi instruktorami ZHP byli - Krystyna Żurek - Kowalska i Marek Kowalski. W latach późniejszych działalność tę kontynuowali Grzegorz Fitta, Czesława Fitta oraz Adam Lenarczyk.
Pierwszy remont kapitalny miał miejsce w 1972 roku. Rok 1975 przynosi zmiany personalne kadry kierowniczej. Dyrektorem Zakładu zostaje Józef Nowak, natomiast funkcję dyrektora Szkoły obejmuje Zofia Polak, zaś kierowniczą Internatu w latach 1975-80 Eugenia Korowko.
W szkole w latach 1977/78 rozpoczął się eksperyment programowy pod kierownictwem Zofii Polak - dyrektora o silnej osobliwości, doskonałego organizatora i wspaniałego dydaktyka. Eksperyment przeprowadzony był pod auspicjami Ministerstwa Oświaty, przy ścisłej współpracy z Departamentem Szkolnictwa Specjalnego.
Na zastępcę dyr. do spraw eksperymentu powołano Emilię Czuprynę, która z niezwykłym zaangażowaniem prowadziła go przez 8 lat. Efektem tych poczynań był wprowadzony w 1984 program nauczania szkół specjalnych. Przy tej okazji nawiązano wiele kontaktów z innymi Ośrodkami; odbywały się wspólne spotkania i wymiany doświadczeń. Wprowadzono innowacyjne metody nauczania.
Od tego czasu szkoła i internat stanowią bazę ćwiczeniową dla studentów WSP, UJ, WSPS w Warszawie oraz innych uczelni półwyższych. W latach 80 w związku z eksperymentem wyposażono szkołę w pomoce naukowe i najnowsze wówczas środki audiowizualne. W internacie podniósł się standard pomieszczeń, umeblowania, dokonano cześciowej wymiany stolarki okiennej. - W latach 1980 -95 kierownikiem internatu był Mikołaj Rinchowski.
Z inicjatywy dyr. Nowka rozwinął się wówczas "Ruch Korczakowski". Nawiązano współpracę z Ośrodkami Korczakowskimi. W 100 rocznicę urodzin Janusza Korczaka odbyła się ogólnopolska Sesja Korczakowska. Zakład otrzymał "Medal Korczakowski" 11 lat kierowania placówką przez dyr. Nowaka to okres miłej i twórczej atmosfery pracy, życzliwości wobec pracowników i wychowanków, inspirowanie i zachęcanie nauczycieli i wychowanków do samokształcenia i zdobywania wyższych kwalifikacji. Wielu pedagogów zdobyło stopnie specjalizacji. Wśród młodzieży wprowadzano korczakowskie metody samorządności i koleżeństwa. Piękne, zielone otoczenie Ośrodka, to również zasługa dyrektora Nowaka.
Poczynania te kontynuowała Barbara Kraszewska w latach 1986-90, nawiazujac jednocześnie kontakty z Holandią - skąd otrzymaliśmy rzeczową, konkretną pomoc włącznie z doposażeniem zespołu "Promyk", który działał pod kierownictwem Tadeusza Wolaka.
Od 1989r. szkołą kieruje Elżbieta Nogieć, a zastępcą jest Zdzisław Marchewski. Powstają nowe gabinety m.in. do zajęć korekcyjno- wyrównawczych, modernizuje się pracownie zajęć technicznych, przebudowano węzły sanitarne, kontynuuje się innowacje pedagogiczne, zaś poziom dydaktyczno-wychowawczy jest wysoki.
W 1990 w wyniku konkursu dyrektorem Ośrodka zostaje Danuta Ostrowska - Irzyk a zastępcą Andrzej Kocurek, późniejszy dyrektor Ośrodka (1994-96).
Zapoczątkowano wówczas przebudowę systemu grzewczego na ekologiczny, gazowy. Prace zakończono w 1993 roku. Przeprowadzono przebudowę węzłów sanitarnych oraz wyremontowano pomieszczenie internatowe wraz z zapleczem gospodarczym. Zakupiono nowe meble i pomoce do zajęć.
Nawiązano współpracę z Francją poprzez fundację "Equilibre"- organizowano giełdy odzieży z wymiernymi efektami finansowymi, wspomagającymi placówkę. Ta współpraca trwa nadal poprzez kontakty z Bankiem Żywności. Rozwinął się ruch "Olimpiady Specjalne - Polska". Prezesem Stowarzyszenia był Marek Tokajuk. Dzięki tej działalności dzieci naszej placówki uczestniczą w zawodach, zgrupowaniach zdobywając medale i dyplomy czując się dowartościowane.
W roku szkolnym 1995/96 kierownikiem internatu zostaje Krystyna Andrzejewska - Korba.
Od 1996 roku do 2009 roku dyrektorem Ośrodka był Zdzisław Marchewski, zaś kierownikiem Internatu Anna Skrzywanek.
W czasie tym do 2012 roku wicedyrektorem Ośrodka i dyrektorem Szkoły była Elżbieta Nogieć.
Dzięki staraniom i inicjatywie dyrektora prowadzone były remonty na dużą skalę - np. całkowita przebudowa pergoli, nowe pokrycie dachu, węzły sanitarne. Powstał gabinet dentystyczny, a opieką medyczną objęte są dzieci przez cały dzień.
Staraniem dyrektora Marchewskiego Ośrodek otrzymał 90% dotacji przy zakupie samochodu Ford - Transit. Nawiązał on też nowe kontakty z Ośrodkiem w Tarbes we Francji. Wieloetapowa współpraca zaplanowana na kilka lat ma zaowocować ''Tygodniem Europy'' ze szczególnym udziłem obu placówek, łącznie z wymianą turystyczną młodzieży i pedagogów.
Ogromny wkład w realizacje zamierzeń Ośrodka stanowią fundusze wypracowane przez Towarzystwo Wspierania Inicjatyw Społecznych na Rzecz Kształcenia Specjalnego którego twórcą był dyrektor Zdzisław Marchewski.
Od roku szkolnego 2009/2010 funkcję dyrektora pełni Józef Pacuła, zaś kierownika Internatu Halina Widomska.
Od września 2012 roku do sierpnia 2014 roku wicedyrektorem Ośrodka był Jerzy Wieszczak.
We wrześniu 2014 roku stanowisko wicedyrektora ośrodka objęła Anna Duda - Kras.