W Szkole Podstawowej Nr 46 na drugim etapie edukacyjnym (kl. IV - VI) funkcjonują oddziały klasowe, w których uczą się dzieci z upośledzeniem umysłowym w stopniu lekkim, umiarkowanym i znacznym.
Uczniowie korzystają z dobrze wyposażonych pracowni oraz biblioteki szkolnej.Uczniowie objęci są zajęciami usprawniającymi z zakresu logopedii, gimnastyki korekcyjnej oraz zajęć korekcyjno - kompensacyjnych.
W ramach zajęć korekcyjno - kompensacyjnych prowadzona jest terapia metodą Tomatisa.Uczniowie mogą korzystać ze stołówki szkolnej, a po lekcjach przebywać w Internacie, lub Półinternacie.
Uczniowie chętnie biorą udział w wycieczkach.
Na terenie szkoły prowadzi działalność Sklepik „Grosik”, czynny w czasie przerw śródlekcyjnych.